ההשוואה של מיקומי מפה של גנים בין המינים. התוצאות של השוואות אלה מצביעים על שימור ניכרים בלוקים של גנים מקטעים גדולים של הכרומוזומים בין המינים. השימוש הגדול יכול להתבצע השימור של מפת המיקום. לדוגמה, במקרה של יונקים, זה אומר כי אם בוצע מיפוי גנים בעין אחת או בשתי המינים ממופה בעוצמה (בני אדם ועכברים), לאחר מכן מיקום סביר את הגן יונקים אחרים ניתן לחזות בביטחון רב. לעומת זאת, אם סמן DNA ממופה אנונימיים יש השפעה על תכונה כמותית (זה להיות מעיד על דה מרקר המקושר לוקוס תכונה כמותית (QTL)), אומרים, בקר, ואז ידע של מפת השוואתי בין הבקר בני אדם יכולים לזהות גנים באזור הומולוגיים של הגנום האנושי המתאימות יכול QTL. גנים כאלה נקראים השוואתי מועמד לפי מיקום הגנים (q.v.).