התהליך מתחיל עם מחפש סמנים מקושר תכונה תורשתית מסוימת, ולאחר מכן באמצעות הסמנים לזהות את המיקום המשוער של הגן האחראי על מדתו, ולאחר מכן באמצעות אסטרטגיות שיבוט שונים (כולל כרומוזום הליכה, q.v.) כדי לזהות, לבודד, לאפיין את הגן. במקור, האסטרטגיה נקרא גנטיקה הפוכה, מונח כי יש לשקול להיות מטעה ומטעה.