המופע של וריאציה האורך של ה-DNA קטעים המיוצרים לאחר פצילות עם endonuclease ההגבלה של השני סוג. ההבדלים בין אורכי DNA הן בשל נוכחות או היעדרות של זיהוי יסופק עבור אותו אנזים הגבלה מסוימת. RFLPs בתחילה זוהו באמצעות הכלאה עם ה-DNA רגשים לאחר ההפרדה של מתעכל DNA גנומית על-ידי בג'ל (הדרומי ניתוח). עכשיו הם מזוהים בדרך כלל על ידי אלקטרופורזה של מוצר ה-PCR מתעכל.