פולימורפיזם (q.v.) באתר הבסיס מסוימת ברצף קידוד, למשל, בשעה לבסס 306 ב גן מסוים, אדם אחד יכול להיות heterozygous עבור A וז': אלל אימהית יכול להיות A באתר זה, בעוד אלל אבהית יש משחק באתר זה. זה סוג של פולימורפיזם הוא נרחב ברחבי הגנום, יש את היתרון הגדול של להיות לזיהוי ללא צורך בג'ל, אשר פותח את הדרך אוטומציה בקנה מידה גדול של genotyping.