地図上の位置の種の間の遺伝子の比較。遺伝子のブロックと種の間の染色体のも大きなセグメントの実質的な保全これらの比較の結果を示します。偉大な使用は、この地図の位置の保全の行うことができます。たとえば、哺乳類の場合は、それ遺伝子は激しくマップ種 (人間およびマウス) のいずれかにマップされている場合は、[その他の哺乳類遺伝子の可能性が高い場所かなり自信を持って予測できることを意味します。逆に は、マップされた匿名 DNA マーカー (この量的形質遺伝子座 (QTL) にリンクされているマーカーの示すという) 量的形質に影響があるかと言う、牛、それから比較地図牛と人間の間の知識に QTL の対応が人間のゲノムの相同領域の遺伝子識別できます。このような遺伝子の比較位置候補遺伝子 (そちらも参照) と呼ばれます。