DNA の特定のシーケンスは、例えば、Bam H1 を認識した後切断するエンドヌクレアーゼのクラス (5´GGATCC3´)、エコ RI (5´GAATTC3´) と ホアヒン dIII (5´AAGCTT3´)。制限の endonuclease 酵素の 3 種類があります:

タイプ： 非-具体的には距離 1000 bp 認識配列からより大きい切り取って制限とメチル化の両方の活動が含まれています

。II 型： カットや短い、近くでしばしば回文 (そちらも参照) 認識シーケンス。は独立した酵素同じ認識シーケンスを methylates します。彼らはちょうど 1 つの別の反対の 2 つの DNA 繊維の切口を作る可能性があり、鈍的生成 を終了、または彼らは粘着性がある端点を生成する千鳥のカットをすることができます。II 型制限酵素一般的組換え DNA 技術を悪用するものです。

タイプ III: 24 26 bp 下流は短い、非対称的な認識シーケンスからカットします。ATP を要求し、制限のメチル化の活動が含まれています。