ベースでポリモーフィズム (そちらも参照) は、特定の基本サイト コーディング シーケンス、例えばである特定の遺伝子で 306、父方のアレルこのサイトでは G が A および g: 母子の対立遺伝子 A このサイトでは、可能性があるありますの一個体はヘテロかもしれない。このタイプのポリモーフィズムのゲノム全体で広範囲におよび、道のジェノタイピングの大規模な自動化を開きますゲルの電気泳動を必要とせずに検出可能であることの大きな利点を持って。