Sisteminis pavadinimas ir numeris, kuris nustatyti fermento techninės literatūros. Priskirta fermentų Komisijos EB numeris susideda iš keturių skaičių, atskirtų taškais: pirmasis klasifikuoja fermentą į vieną iš šešių platų grupių: 1. oksidoreduktazės; 2. Transferases; 3. Hydrolases; 4. Lyases; 5. Isomerases; 6. Ligases. Kiekviena grupė skirstoma į pogrupius, kiekvieno pogrupio į sub-sub-groups, ir paskutinis numeris būdinga fermento, pvz., EB 3.1.21.1, deoxyribonuclease aš.