Endonukleazės klasė, cleaves DNR atpažinus specialiosios seka, pvz., Bam H1 (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´) ir Hin dIII (5´AAGCTT3´). Yra trijų rūšių restrikcijos endonukleazės fermentai:

tipo i gabalai ne konkrečiai atstumas didesnis kaip 1000 bp nuo jos pripažinimo seka ir yra apribojimas ir Metilinimas veikla.

II tipas: Gabalai ne arba netoli trumpas, ir dažnai palindromic (straipsnį šia tema), pripažinimo seka. A atskiras fermento methylates ta pačia pripažinimo tvarka. Jie gali padaryti gabalai du DNR sudėliotas tiksliai priešais vienas kitą ir generuoti bukas baigiasi, arba jie gali padaryti išskirstytų gabalai generuoti lipnus galai. II tipo apribojimas fermentų yra tie, kurie paprastai naudojami Rekombinantinės DNR technologijos.

III tipo: gabalai 24-26 bp pasroviui nuo trumpas, asimetriškas pripažinimo seka. Reikia ATP ir yra apribojimas ir Metilinimas veikla.