Atrašanās vietas kartē gēnu starp sugām salīdzinājums. Šādas salīdzināšanas rezultātus norāda būtisku saglabāšanu gēnu bloki un pat lieliem segmentiem hromosomas starp sugām. Lielo izmantošana var būt izgatavoti no šo karti pozīciju saglabāšanu. Piemēram, attiecībā uz zīdītājiem, tas nozīmē, ka ja gēns ir kartēta vienā vai abos intensīvi kartēts sugas (cilvēkiem un pelēm), tad šī gēna citiem zīdītājiem iespējamo atrašanās vietu varētu prognozēt ar lielu pārliecību. Un otrādi, ja kartētā anonīmu DNS marķieri ir ietekme uz kvantitatīvo īpašība (tas ir indikatīvs marķiera tiek piesaistīts kvantitatīvi iezīme locus (QTL)), teiksim, lopu, tad zināšanu salīdzinošas karti starp lopiem un cilvēkiem var noteikt gēnus cilvēka genomu, kas varētu atbilst QTL homologu reģionā. Rezistentus gēnus, sauc par salīdzinošo pozicionālo kandidātu gēni (skat.).