Endonucleases klase, kas pēc noteiktā secībā, piemēram, Bam H1 atzīstot pieķersies DNS (5´GGATCC3´), Eco RI (5´GAATTC3´) un Hin dIII (5´AAGCTT3´). Ir trīs veidu ierobežošanu endonukleāzes fermenti:

i tipa izcirtņi bez īpaši attālums pārsniedz 1000 bp no sērijas, tās atzīšanu un satur darbības ierobežošanu, gan Metilēšana.

II tips: Izcirtņi vai pie īsa, un bieži vien palindromic (skat) atpazīšanas secībā. A atsevišķa fermentu methylates pašā atpazīšanas secībā. Tās var padarīt izcirtņiem divas DNS virzieni tieši pretī viens otru un rada strupajiem beigām, vai tie var padarīt sadala izcirtņi radīt lapiņas beidzas. II tipa ierobežojums fermentus, tie parasti tiek izmantota rekombinantās DNS tehnoloģija.

III tipa: izcirtņiem, 24-26 bp lejup pa straumi no virkni īsu, asimetriska atzīšanu. Prasa ATP un satur ierobežojumu gan Metilēšana aktivitātes.