Een methode voor het scheiden van moleculen door te profiteren van hun vermogen om specifiek aan andere moleculen te binden. Er zijn verschillende soorten biologische affiniteitchromatografie. A biologische molecuul kan worden geïmmobiliseerdet en een kleinere molecule (ligand, q.v.,) waarnaar het is om te binden, geplakt kan worden of de kleinere ligand kan worden geïmmobiliseerd en de macromolecule vast aan het. A variant is een antilichaam gebruiken als de geïmmobiliseerdet molecuul te gebruiken om te "vangen" zijn antigeen: dit wordt vaak genoemd immuno-affiniteitchromatografie. A variatie is pseudo-affinity chromatografie, waarin een verbinding die net als een biologische ligand is is geblokkeerd op een massief materiaal en enzymen of andere eiwitten zijn gebonden aan het. Andere technieken omvatten metalen affiniteitchromatografie, waar een metaal-ion is geblokkeerd op een stevige steun: metaal ionen strak binden en specifiek aan vele biomoleculen. Het metaal-ion is gebonden aan een complexvormer of chelaat group, een chemische groep die specifiek en zeer strak aan dat metaal bindt.