Een type van DNA marker, gegenereerd door vertering van genomic DNA met twee beperkingsenzymen maken veel DNA-fragmenten, Afbinding van specifieke opeenvolgingen van DNA (genoemd adapters) aan de uiteinden van deze fragmenten, versterking van de fragmenten via PCR (met behulp van een reeks inleidingen met sequenties die overeenkomt met de adapters, plus verschillende willekeurige combinaties van drie extra basen aan het einde), en visualisatie van fragmenten via de Elektroforese van het gel. De PCR zal elk fragment waarvan reeks gebeurt er om te beginnen met een van de drie-base sequenties in de reeks inleidingen versterken. AFLPs hebben het belangrijke voordeel dat veel markers kunnen worden gegenereerd met relatief weinig inspanning. Ze zijn een zeer nuttig middel voor het kwantificeren van de omvang van genetische diversiteit binnen en tussen bevolkingsgroepen. Hun belangrijkste nadeel is dat ze zijn niet specifiek voor een bepaalde locus en omdat ze worden gescoord als de aanwezigheid of afwezigheid van een band, heterozygoten niet kunnen worden onderscheiden van homozygotes, dat wil zeggen, ze worden overgenomen in een dominante mode.