De vergelijking van plaatsen op de kaart van genen tussen soorten. De resultaten van deze vergelijkingen blijkt aanzienlijke instandhouding van blokken van genen en zelfs grote segmenten van chromosomen tussen soorten. Groot gebruik kan worden gemaakt van deze instandhouding van kaart positie. Bijvoorbeeld in het geval van zoogdieren, het betekent dat als een gen is toegewezen in een of beide van de soorten van intens toegewezen (mens en muizen), vervolgens de waarschijnlijke locatie van dat gen in andere zoogdieren kan worden voorspeld met aanzienlijke vertrouwen. Omgekeerd, als een toegewezen anonieme DNA markering heeft een effect op een kwantitatieve Trek (dit is tekenend voor de markering wordt gekoppeld aan een kwantitatieve trait locus (QTL)), zeggen, runderen, dan kennis van de vergelijkende kaart tussen runderen en mensen kan identificeren genen van het menselijk genoom die kan overeenkomen met de QTL homologe regio. Dergelijke genen vergelijkende kandidaat positionele-genen (q.v.) worden genoemd.