Een polypeptide gemaakt van een recombinante gen dat delen van twee of meer verschillende genen bevat. De verschillende genen zijn samengevoegd zodat hun codering sequenties in hetzelfde frame lezing zijn: het genetische apparaat leest de gene kernfusie als een enkel gen, en zo een fusieproteïne produceert. Ook bekend als hybride eiwit of chimeer eiwit. Deze proteïnen worden gebruikt:

-een affiniteit label aan een proteïne;

toe te voegen-voor de productie van een peptide als onderdeel van een groter eiwit, die vervolgens is gesneden nadat het is gemaakt door middel van klonen;

-voor de productie van een eiwit met de gecombineerde kenmerken van twee natuurlijke eiwitten; of

- voor de productie van een eiwit waar twee verschillende activiteiten fysiek zijn verbonden.