Het recombinatie proces dat een kleine DNA-molecule (gewoonlijk door homologe recombinatie) wordt ingevoegd in een grotere. Als de moleculen circulaire zijn, integratie omvat slechts een enkele crossing-over; als lineaire, vervolgens twee kruisingen-over zijn vereist. Een bekend voorbeeld is de integratie van phage λ (lambda) DNA in de E. coli genoom.