Een nucleotide sequentie - bestaat meestal uit 4, 6 of 8 nucleotiden - die wordt herkend door en die een beperking endonuclease (restrictie-enzym) bindt. Voor type II restrictie-enzymen (die worden gebruikt in experimenten gen-klonen) het is ook de volgorde waarin het enzym specifiek snijdt (en hun overeenkomstige enzymen methylate) het DNA, dat wil zeggen, voor type II enzymen, de site van de erkenning en de doelsite zijn dezelfde volgorde. Type I enzymen binden aan hun erkenning site en klikt klieven het DNA op sommige min of meer willekeurige positie buiten die erkenning site.