De specifieke nucleotide sequentie in DNA die wordt herkend door een endonuclease van type II restrictie en in waardoor het een double-stranded knippen. Beperking sites bestaat meestal uit vier of zes basenparen die normaal zijn palindromische (q.v.), bijvoorbeeld, 5´GGCC3´

3´CCGG5´

de twee strengen kunnen worden gesneden hetzij tegenover elkaar, maken van botte eindigt, of in een gespreide manier geven plakkerig eindigt, afhankelijk van het enzym betrokken.