En type DNA markør, generert av fordøyelsen av genomisk DNA med to begrensning enzymer til å opprette mange DNA fragmenter, ligation av bestemte sekvenser av DNA (kalt adaptere) til endene av disse fragmentene, forsterkning av fragmenter via PCR (ved hjelp av et sett med primere med sekvenser tilsvarer kortene, samt ulike tilfeldige kombinasjoner av tre ekstra baser på slutten), og visualisering av fragmenter via gel geleelektroforese. The PCR vil forsterke noen fragment som sekvens hender for å starte med noen av de tre-base-sekvensene i settet med primere. AFLPs har den viktige fordelen at mange indikatorer kan være generert med relativt liten innsats. De er en svært nyttig måte å kvantifisere omfanget av genetisk mangfold innen og mellom populasjoner. Store ulempen er at de er ikke spesifikke for et bestemt locus, og fordi de er scoret som tilstedeværelse eller fravær av et band, heterozygotes kan ikke skilles fra homozygotes, dvs., de arves i en dominerende mote.