Sammenligning av kart steder av gener mellom artene. Resultatene av disse sammenligningene indikere betydelig bevaring av blokker av gener og selv store deler av kromosomer mellom artene. Stor bruk kan være laget av denne bevaring av kart posisjon. For eksempel i tilfelle av pattedyr, det betyr at hvis et gen er avbildet i ett eller begge av intenst tilordning Art (mennesker og mus), deretter hvor sannsynlig det genet i andre pattedyr kan forutsies med betydelig selvtillit. Omvendt, hvis en tilordnet anonyme DNA markør har en effekt på en kvantitativ egenskap (dette blir indikativ av merket som det lenkes til en kvantitativ egenskap locus (QTL)) i, sier, storfe, så kjennskap til sammenlignende kart mellom kyr og mennesker kan identifisere gener i det menneskelige genomet som kan tilsvare QTL homologe regionen. Slike gener kalles sammenlignende posisjonelle kandidat gener (eksemplarer).