A comparação dos locais do mapa de genes entre espécies. Os resultados destas comparações indicam substancial conservação dos blocos de genes e mesmo grandes segmentos de cromossomos entre espécies. Grande podem ser aproveitadas nesta conservação da posição do mapa. Por exemplo, no caso dos mamíferos, isso significa que se um gene foi mapeado em uma ou ambas as espécies intensamente mapeada (seres humanos e ratos), em seguida, a localização provável desse gene em outros mamíferos pode ser prevista com confiança considerável. Por outro lado, se um marcador de DNA mapeado anônimo tem um efeito sobre uma característica quantitativa (sendo este indicativo do marcador estar ligado a um locus de traço quantitativos (QTL)), dizer, gado e, em seguida, conhecimento do mapa comparativo entre animais e seres humanos pode identificar genes na região homóloga do genoma humano que pudesse corresponder a QTL. Tais genes são chamados genes candidatos posicional comparativa (q.v.).