Uma sequência de nucleótidos - composto normalmente de nucleotídeos de 4, 6 ou 8 - o que é reconhecido por e para que vincula uma endonuclease de restrição (enzima de restrição). Para o tipo enzimas de II de restrição (aqueles usados em experimentos de clonagem do gene) é também a seqüência em que a enzima corta especificamente (e suas enzimas correspondentes misturamos) o DNA, ou seja, de enzimas tipo II o reconhecimento local e o local de destino são a mesma sequência. Tipo I enzimas ligam para o seu site de reconhecimento e, em seguida, decompor o DNA em alguma posição mais ou menos aleatório fora desse site de reconhecimento.