Porównanie mapę lokalizacji genów między gatunkami. Wyniki tych porównań wskazują znaczne ochrony bloków genów i nawet duże segmenty chromosomów między gatunkami. Świetnie można wykorzystać tej ochrony stanowiska mapę. Na przykład w przypadku ssaków, to oznacza, że jeśli Gen została zamapowana w jednym lub obu gatunków intensywnie mapowane (ludzi i myszy), a następnie prawdopodobnie lokalizację tego genu u innych ssaków można przewidzieć z pewnością znaczne. i odwrotnie, jeśli mapowane anonimowy znacznik DNA ma wpływ na cecha ilościowa (to jest orientacyjny znacznika związane z locus cechy ilościowe (QTL)), powiedzieć, bydło, a następnie wiedza porównawcza mapy między ludzi i bydła można zidentyfikować geny homologiczne regionie genomu ludzkiego, który może odpowiadać QTL. Takie geny są nazywane porównawczych kandydata pozycyjne genów (połączone).