Klasa enzymów, które degradują cząsteczek DNA lub RNA przez łupanie phospho-diester obligacji, które łączą sąsiednie nukleotydów. w deoxyribonuclease (DNaz), podłoże jest DNA. w ulicznych, rozszczepia ją na wewnętrznych stronach w cząsteczce substratu. Egzonukleazy rozszczepia się stopniowo od końca cząsteczki substratu. Rybonukleazy (RNazy), podłoże jest RNA. W S1 nukleazy, podłoże jest pojedynczej nici DNA lub RNA. Nukleazy mają różne stopnie specyficzności bazę sekwencji, najbardziej specyficzne są enzymy restrykcyjne.