Występowania różnic w długości DNA wytwarzanych po rozkładu z typu II endonukleazy fragmenty. Różnice w długości DNA są ze względu na obecność lub brak uznania witryny dla tego konkretnego enzymu. RFLPs zostały początkowo wykryte za pomocą hybrydyzacji sond DNA po oddzieleniu strawionego genomowego DNA za pomocą elektroforezy żelowej (analiza Południowej). Teraz zazwyczaj są wykrywane za pomocą elektroforezy strawionego produktu PCR.