O secvenţă de aminoacizi, care a fost proiectat într-o proteine pentru a face mai uşor de purificare sale. Acestea pot lucra într-un număr de moduri. Tag-ul ar putea fi o altă proteină, care se leagă de unele alte materiale foarte strâns şi astfel permiţând proteine să fi purificat prin cromatografie de afinitate (q.v.). Tag-ul ar putea fi o secvenţă de aminoacizi scurt, care este recunoscut de un anticorp. Anticorpi ar lega apoi proteine întrucât acesta nu ar fi făcut atât înainte. Un astfel de peptide scurte, numit pavilion, a fost proiectat astfel încât acesta este deosebit de uşor de a face anticorpi împotriva sa. Tag-ul ar putea fi câteva aminoacizi, care sunt apoi utilizate ca o etichetă chimice pe proteine. De exemplu, un şir de aminoacizi încărcate pozitiv va lega foarte puternic la un filtru încărcate negativ: acest lucru ar putea fi utilizate ca bază pentru un sistem de separare. Unii aminoacizi se leagă metale foarte puternic, mai ales în perechi: această proprietate chimice pot fi exploatate de folosind un filtru cu atomi metalic legat chimic pe ea pentru a trage o proteină dintr-un amestec de proteine.