Apariţia de variaţie de lungime a ADN-ului fragmente care sunt produse după clivaj cu un tip II endonucleaze de restricție. Diferenţele în ADN-ul lungimi sunt cauzate de prezenţa sau absenţa de recunoaştere site pentru că special enzime de restricţie. RFLPs au fost iniţial detectate folosind hibridizare cu sonde ADN după separarea digerate genomice de ADN prin electroforeză în gel (sudul analiza). Acum acestea sunt de obicei detectate prin electroforeză produsului PCR digerate.