Un polimorfism (q.v.) la un anumit site de bază într-o secvenţă de codificare, de exemplu, de la bază 306 într-o genă special, un individ ar putea fi heterozygous pentru a și G: alela maternă ar putea avea un a la acest site, în timp ce alela paternă are un g la acest site. Acest tip de polimorfism este extinsă în întreaga genomului, şi are mare avantajul de a fi detectabile fără a fi nevoie pentru electroforeză în gel, care se deschide calea pentru automatizarea pe scară largă de genotipare.