Polymorfizmus (vhodné) v určitej základnej lokality v kódovanie sekvencie, napr na základňu 306 v konkrétnej gén, jedného jedinca mohli byť Heterozygotná pre A a G: matiek alela mohol A na tomto mieste, kým otcovskej alely G na tejto stránke. Tento druh polymorfizmus je rozsiahla počas celého genómu, a má veľkú výhodu, že sú zistiteľné bez nutnosti gélovou elektroforézou, ktorá otvára cestu pre vo veľkom meradle automatizáciu genotypových.