Vrsta DNK označevalca, ki jih prebavi genomske DNA z dvema omejitev encimov ustvariti veliko fragmentov DNA, lepljenje ali ligacija posebnih zaporedij DNA (imenovano adapterja) na koncih teh fragmentov, ojačevanje fragmentov preko PCR (niz začetnih oligonukleotidov z zaporedja, ki ustreza adapterjev za plus različnih naključno kombinacije treh dodatnih baz na koncu), in vizualizacijo fragmentov preko gelu. The PCR ojača koli fragmentov, katerega zaporedje se zgodi, da začnete s katero koli zaporedja tri-base v niz začetnih oligonukleotidov. AFLPs imajo pomembno prednost, da lahko veliko označevalcev ustvari z relativno malo truda. So zelo uporabni za kvantifikacije obseg genske raznovrstnosti znotraj in med populacijami. Njihova glavna pomanjkljivost je, da niso specifične za določen lokus in, ker so se ocenjujejo kot prisotnost ali odsotnost band, heterozygotes ni mogoče razlikovati od homozygotes, tj, oni so podedovali v prevladujoči način.