Jämförelse av karta platser av gener mellan arter. Resultatet av dessa jämförelser visar betydande bevarande av block av gener och även stora delar av kromosomer mellan arter. Stora användning kan göras av detta bevarande av karta ståndpunkt. Exempelvis för däggdjur, det innebär att om en gen har avbildats i ena eller båda av de intensivt-mappade arterna (människor och möss), sedan sannolikt platsen för den gen i andra däggdjur kan förutsägas med stor tillförsikt. Omvänt, om mappade anonym DNA-markör har en effekt på en kvantitativ egenskap (detta är vägledande för den markör som är kopplade till en kvantitativa locus (QTL)), säga, boskap och kunskap om jämförande kartan mellan djur och människor kan identifiera gener i det mänskliga genomet som skulle kunna motsvara QTL homologa regionen. Sådana gener kallas jämförande positionella kandidatgener (överflyttningen).