Reaktion förutsättningar - framför allt temperatur, salthalt dessa förekommer i koncentrationer och pH - att dikterar påkoppling av enkelsträngat DNA/DNA, DNA/RNA och RNA/RNA hybrider. Vid hög hårdhet, länkpartner utgör endast mellan delarna med perfekta 1: 1-komplementaritet, lägre hårdhet gör påkoppling mellan delarna med en viss obalans mellan baser.