ขั้นตอนสำหรับการกำหนดลำดับของนิวคลีโอไทด์ของดีเอ็นเอส่วน มีสองวิธีสำหรับการทำเช่นนี้:

• Maxam และกิลเบิร์ตเทคนิค (เคมีสลายตัว), ที่ใช้สารเคมีต่าง ๆ เพื่อทำลายดีเอ็นเอเป็น fragments ที่ฐานเฉพาะ หรือ

•เทคนิค Sanger (เรียกว่า di deoxy หรือวิธีการสิ้นสุดการโซ่) ใช้ดีเอ็นเอพอลิเมอเรสเพื่อให้ห่วงโซ่ดีเอ็นเอใหม่ ด้วย deoxy ดินิวคลีโอไทด์ (ต่อโซ่) เพื่อหยุดการสุ่มเป็นขยาย

ในทั้งสองกรณี ชิ้นส่วนดีเอ็นเอจะจัดแบ่งตามความยาว โดยเจ polyacrylamide electrophoresis เปิดใช้งานลำดับที่จะสามารถอ่านได้โดยตรงจากเจ