การเกิดเปลี่ยนแปลงในความยาวของดีเอ็นเอของ fragments ที่ถูกผลิตหลังจากรอยปริแยกกับ II เป็นชนิด endonuclease จำกัด มีความแตกต่างในความยาวของดีเอ็นเอจากการแสดงตนหรือการขาดความรู้ site(s) สำหรับเอนไซม์ที่จำกัดเฉพาะ RFLPs เริ่มพบการใช้ hybridization กับ DNA probes หลังแยกของย่อยนี้ genomic DNA โดยเจล electrophoresis (ภาคใต้วิเคราะห์) ตอนนี้พวกเขาโดยทั่วไปได้ตรวจพบ โดย electrophoresis ผลิตภัณฑ์ PCR ย่อยนี้