Класу endonucleases, що розщеплює ДНК після визнання певній послідовності, наприклад, БАМ H1 (5´GGATCC3´), Еко RI (5´GAATTC3´) та Хін dIII (5´AAGCTT3´). Є три типи обмеження endonuclease ферментів:

тип i: скорочення номери спеціально відстані більше, ніж 1000 ВР від його визнання послідовність і містить обмеження і Метилювання діяльності.

Тип II: Порізи на або поблизу короткий і часто паліндромние (q.v.), визнання послідовності. A окремий фермент methylates же послідовності розпізнавання. , Вони можуть зробити скорочення в два нитки ДНК саме навпроти одного і генерувати тупим закінчується, або вони можуть зробити поетапне скорочення генерувати липким закінчується. Тип II обмеження ферментів, ті, які зазвичай експлуатуються на рекомбінантній ДНК.

Тип III: скорочення 24-26 ВР вниз за течією від коротких, асиметричний розпізнавання послідовності. Вимагає ATP і містить обмеження і Метилювання діяльності.