Một kỹ thuật mà một khu vực không rõ của một nhiễm sắc thể có thể được khám phá. Nó thường được sử dụng để cô lập một locus ưa thích cho mà không có thăm dò có sẵn nhưng mà được biết là được liên kết với một gen mà đã được xác định và nhân bản. Một mảnh có chứa một gen được gọi là lựa chọn và sử dụng như một thăm dò để xác định khác chồng lên nhau mảnh có chứa cùng một gen. Nucleotide trình tự của các mảnh vỡ có thể sau đó được định nghĩa. Quá trình này tiếp tục cho chiều dài của các nhiễm sắc thể.