So sánh bản đồ vị trí của gen từ loài. Cho biết kết quả của những so sánh các bảo tồn đáng kể của khối của gen và thậm chí lớn các phân đoạn của nhiễm sắc thể giữa loài. Tuyệt vời sử dụng có thể được thực hiện này bảo tồn bản đồ vị trí. Ví dụ, trong trường hợp của động vật có vú, nó có nghĩa rằng nếu một gen đã được ánh xạ trong một hoặc cả hai loài ánh xạ mạnh mẽ (con người và con chuột), sau đó vị trí có khả năng rằng gen trong động vật có vú khác có thể được dự đoán với sự tự tin đáng kể. Ngược lại, nếu một điểm đánh dấu DNA được ánh xạ chưa xác định người có ảnh hưởng đến một đặc điểm định lượng (này là chỉ của đánh dấu được liên kết với một locus đặc điểm định lượng (QTL)) có trong, nói, gia súc, sau đó kiến thức bản đồ so sánh giữa trâu, bò và con người thể xác định gen vùng tương đồng bộ gen con người có thể tương ứng với QTL. Gen như vậy được gọi là ứng cử viên vị trí so sánh gen (cuộc).