Một chuỗi nucleotide - thường bao gồm 4, 6 hoặc 8 nucleotide - được chấp nhận bởi và đó liên kết với một giới hạn endonuclease (hạn chế enzym). Cho loại enzyme giới hạn II (những người sử dụng trong các thí nghiệm nhân bản gen) nó cũng là dãy trong đó enzym đặc biệt cắt (và của họ tương ứng enzym methylate) DNA, ví dụ cho loại II enzym, là cùng một trang web nhận dạng và các trang web mục tiêu. Loại enzyme liên kết với các trang web nhận dạng của họ và sau đó tách các DNA ở một số vị trí ngẫu nhiên nhiều hơn hoặc ít hơn bên ngoài trang web công nhận đó.