確定程式的一個 DNA 片段的核苷酸序列。有這樣做的兩種常見方法：

• 美加淨和吉伯特技術 (化學降解），使用不同的化學物質打破入 DNA 片段在特定的基地 ； 或

• 桑格技術 （稱為 di 去氧或鏈終止方法） 使用去氧核糖核酸聚合酶，使新的 DNA 鏈，與迪-去氧核苷酸 (鏈結束字元），要停止鏈隨機隨著它的發展。

在這兩種情況下，由聚丙烯醯胺凝膠電泳，使要直接從凝膠中讀取的序列 DNA 片段分離根據長度。