地圖位置的基因物種之間的比較。的這些比較結果表明大量塊的基因和染色體物種之間甚至大段的養護。大可以利用這一養護的地圖位置。為例，在哺乳動物，它意味著如果一個基因已被映射在一個或兩個的激烈映射的物種 （人類和小鼠），然後該基因在其他哺乳動物中的可能位置可以預測具有相當大的信心。相反地，如果一個映射的匿名 DNA 標記的效果上 （這是指示性的連結到定量性狀 (QTL) 的標記） 數量性狀中，說，牛，然後比較地圖牛和人之間的知識可以識別同源區域可以對應于 QTL 的人類基因組的基因。這種基因被稱為比較位置候選基因 (q.v.)。