确定程序的一个 DNA 片段的核苷酸序列。有这样做的两种常见方法：

• 美加净和吉尔伯特技术 (化学降解），使用不同的化学物质打破入 DNA 片段在特定的基地 ； 或

• 桑格技术 （称为 di 脱氧或链终止方法） 使用脱氧核糖核酸聚合酶，使新的 DNA 链，与迪-脱氧核苷酸 (链终止符），要停止链随机随着它的发展。

在这两种情况下，由聚丙烯酰胺凝胶电泳，使要直接从凝胶中读取的序列 DNA 片段分离根据长度。