地图位置的基因物种之间的比较。的这些比较结果表明大量养护的基因块和甚至大段染色体物种之间。大可以利用这一养护的地图位置。为例，在哺乳动物，它意味着如果基因已被映射在一个或两个的激烈映射的物种 （人类和小鼠），然后在其他哺乳动物基因的可能位置可以预测有相当大的信心。相反地，如果一个映射的匿名 DNA 标记已上 （这是被链接到一个数量性状基因座 (QTL) 的标记指示性） 数量性状的影响中，说，牛，然后比较地图牛和人类之间的知识可以识别基因同源地区的人类基因组对应的 QTL 的可能。这种基因被称为相对定位候选基因 (q.v.)。