内切酶的识别特定的顺序，例如，Bam H1 后裂 DNA 的类 （5´GGATCC3´），生态 RI (5´GAATTC3´) 和 华欣 dIII （5´AAGCTT3´）。有三种类型的限制性内切酶酶：

类型 i： 削减非专门的距离大于 1000 bp 从其识别序列和包含限制和甲基化活动。

类型 II： 削减或短、 近和经常复发性 (q.v.)，识别序列。A 单独酶 methylates 相同的识别序列。他们可能会作出削减在对面另一个确切的两个脱氧核糖核酸子线和生成钝 结束，或他们可能使交错的削减，以生成粘性末端。II 型限制性内切酶是那些通常是利用重组 DNA 技术中。

III 型： 削减 24-26 bp 下游从短、 不对称的识别序列。需要 ATP 和包含限制和甲基化的活动。