公认的类型二、 限制性内切酶和内它使得双绞切的 DNA 中的特定的核苷酸序列。限制站点通常包括四个或六个碱基对，通常是复发性 (q.v.)，例如，5´GGCC3´

3´CCGG5´

两股可能被切要么对面一个一个，创建钝性的目的，或以交错的方式，给予粘滞结束后，根据所涉及的酶。