地圖位置的基因物種之間的比較。這些比較的結果表明大量的塊的基因和染色體之間物種甚至大段養護。大可以利用這一養護的地圖位置。為例，在哺乳動物，它意味著如果基因已映射在一個或兩個強烈映射的物種 （人類和小鼠），然後在其他哺乳動物的基因的大概位置可以預測有相當大的信心。相反，如果一個映射的匿名 DNA 標記的效果 （這是指示性的連結到定量性狀 (QTL) 的標記） 數量性狀上，說，牛，然後比較地圖牛和人類之間的知識可以識別基因同源地區的人類基因組可以與相對應的 QTL。這種基因被稱為比較位置候選基因 (q.v.)。