它使得雙絞切內被類型 II 限制性內切酶識別的 DNA 中的特定的核苷酸序列。限制網站通常包括四個或六個堿基對，通常是復發性 (q.v.)，例如，5´GGCC3´

3´CCGG5´

兩股可能被切要麼與彼此，創建鈍的目的，或以交錯的方式，給粘末端，取決於所涉及的酶。